NMDS ha indicato che c'erano differenze significative nelle comunità di nematodi ottenute da diversi primer e diverse annotazioni di database (A e B). Rispetto al primer NF1F, sono stati trovati valori più elevati negli indici annotati dal primer 3NDF, in particolare per l'indice di uniformità. Per il primer 3NDF, l'indice Chao ottenuto dai tre database era leggermente diverso, con valori più alti osservati nel database NT (C e D). Credito:Società a responsabilità limitata della stampa di istruzione superiore
I nematodi del suolo rappresentano una componente importante delle comunità del suolo negli ecosistemi terrestri e svolgono un ruolo importante nella regolazione del ciclo dei nutrienti e della salute del suolo. La tecnologia di sequenziamento ad alto rendimento è sempre più utilizzata nello studio della biodiversità dei nematodi. Uno studio recente dimostra che la selezione di primer e database diversi ha influenzato l'annotazione dei taxa di nematodi, ma la diversità della comunità di nematodi ha mostrato modelli coerenti tra i diversi tipi di vegetazione.
I risultati dello studio sottolineano che è necessario selezionare primer e database appropriati in base al livello tassonomico target. Il risultato è apparso in Lettere sull'ecologia del suolo .
L'emergere del sequenziamento ad alto rendimento ha completamente trasformato il campo della tassonomia molecolare, in grado di acquisire maggiori dettagli sulla biodiversità. Anche se la tecnologia di sequenziamento ad alto rendimento è in uso da più di dieci anni, la scelta di primer e database influenzerà i risultati del sequenziamento. Tuttavia, pochi studi hanno valutato in modo completo gli impatti combinati di diversi primer e database sull'identificazione delle comunità di nematodi.
Il monte Changbai offre la più vasta gamma altitudinale di habitat forestali ben conservati nel nord-est della Cina. Lungo il gradiente altimetrico, condizioni ambientali variabili come temperatura, umidità del suolo e pH del suolo, hanno determinato un evidente andamento della biodiversità. Pertanto, le differenze nella diversità e nella composizione delle comunità di nematodi del suolo nella montagna di Changbai forniscono una piattaforma ideale per verificare l'influenza di diversi primer e database sull'annotazione del sequenziamento dei nematodi.
Lo studio ha confrontato due coppie di primer (3NDf/C_1132rmod e NF1F/18Sr2bR) e tre database (NT_v20200604, Silva138/18s Eukaryota e PR2_v4.5) per studiare le comunità di nematodi in diversi tipi di vegetazione lungo il gradiente di elevazione del monte Changbai.
Per il primer 3NDF, il numero di taxa annotati era diverso tra i tre database a livello di genere e specie; mentre per il primer NF1F sono state riscontrate differenze significative a livello familiare tra i tre database. Tra i diversi database, sono state scoperte differenze anche nei taxa di nematodi.
Più alto era il livello tassonomico, meno taxa erano condivisi dai tre database. I modelli di distribuzione della diversità dei nematodi ottenuti da diversi primer e database erano simili tra le diverse vegetazioni. Pertanto, nella scelta di primer e database, dovremmo prestare maggiore attenzione al livello di classificazione in base alle nostre effettive esigenze. In termini di effetto di annotazione in questo studio, i primer 3NDF con database NT potrebbero fornire più informazioni rispetto ad altre combinazioni a livello di genere o specie.
Questo studio suggerisce che quando l'obiettivo principale è lo studio della composizione e della tassonomia delle specie, il metodo di sequenziamento soffre ancora di scarsa consistenza, quindi l'identificazione microscopica tradizionale è ancora indispensabile. Pertanto, in futuro sono necessarie ulteriori validazioni e studi per confrontare in modo approfondito le consistenze dei metodi morfologici e molecolari. Inoltre, nonostante il rapido sviluppo delle tecniche molecolari, alcuni database hanno ancora informazioni incomplete. In futuro, dovremmo integrare più primer e informazioni sul database per migliorare ulteriormente l'accuratezza dell'analisi molecolare nella ricerca ecologica sui nematodi. + Esplora ulteriormente
