1. Differenze genetiche :Il cromosoma Y è unico per i maschi e contiene geni che sono i principali responsabili della determinazione e dello sviluppo del sesso maschile. Il cromosoma Y dell'uomo di Neanderthal trasporta una serie di geni diversi da quelli presenti negli esseri umani moderni.
2. Ibridazione e successo riproduttivo :Quando gli esseri umani moderni (Homo sapiens) e i Neanderthal (Homo neanderthalensis) si incrociarono, furono principalmente i maschi di Neanderthal ad accoppiarsi con le femmine dell'Homo sapiens. Ciò ha prodotto una prole con DNA mitocondriale di Neanderthal (ereditato dalla madre) e una combinazione di DNA nucleare di Neanderthal e Homo sapiens.
3. Incompatibilità genetica :Sembra che il cromosoma Y dell'uomo di Neanderthal abbia dovuto affrontare difficoltà nel riprodursi con successo con le femmine di Homo sapiens. Il cromosoma Y dell'uomo di Neanderthal potrebbe aver portato varianti genetiche incompatibili con i processi riproduttivi umani. Questa incompatibilità potrebbe aver comportato una ridotta fertilità o minori possibilità di gravidanze di successo, portando a una minore prevalenza dei cromosomi Y di Neanderthal nelle popolazioni umane moderne.
4. Selezione naturale e adattamenti :Nel corso di migliaia di anni, la selezione naturale ha favorito la sopravvivenza e la riproduzione di individui con tratti genetici più adatti alle specifiche condizioni ambientali e alle sfide affrontate dagli esseri umani moderni. Questo processo avrebbe favorito la conservazione dei lignaggi del cromosoma Y umano che avevano più successo in termini di idoneità riproduttiva e sopravvivenza.
Come risultato di questi fattori, il cromosoma Y dell'uomo di Neanderthal divenne sempre più raro e alla fine fu escluso dal pool genetico umano moderno. Di conseguenza, il DNA umano moderno non contiene tracce significative di antenati Neanderthal sul cromosoma Y.