L’affermazione sull’assenza di un importante sistema immunitario in molti batteri a causa dell’autoimmunità non è accurata. L'autoimmunità è tipicamente associata al sistema immunitario dei vertebrati ed è caratterizzata da una risposta immunitaria diretta contro i tessuti o le cellule del corpo. I batteri non hanno un sistema immunitario adattativo paragonabile a quello dei vertebrati e non mostrano autoimmunità allo stesso modo. I batteri possiedono vari meccanismi di difesa per proteggersi dalle minacce e dalle infezioni esterne, che includono barriere fisiche come la parete cellulare e la membrana, sistemi di modifica delle restrizioni, sistemi CRISPR-Cas e altri meccanismi di tipo immunitario.