Le proteine ​​non esistono isolate all’interno delle cellule, ma risiedono piuttosto in un ambiente altamente affollato e dinamico. Comprendere come questo ambiente influenza la struttura e la funzione delle proteine ​​è una sfida fondamentale in biofisica. Qui, utilizziamo estese simulazioni di dinamica molecolare atomistica e calcoli di energia libera per studiare come l'ambiente naturalmente affollato all'interno di una cellula influenza la struttura, la dinamica interna e la funzione di una proteina prototipo, la RNasi H. Le nostre simulazioni dimostrano che l'ambiente affollato compatta in modo significativo la struttura proteica, portando ad una conformazione proteica più ordinata e rigida. Questa compattazione si manifesta con un aumento dei parametri dell'ordine della catena principale e delle catene laterali e con una riduzione delle fluttuazioni proteiche interne. Inoltre, la ridotta dinamica della RNasi H all'interno dell'ambiente affollato altera significativamente il suo paesaggio conformazionale, influenzando le popolazioni e le differenze di energia libera di diversi sottostati funzionali. Questi risultati forniscono approfondimenti atomistici sull’influenza dell’affollamento cellulare sulla struttura e sulla dinamica delle proteine, sottolineando l’importanza di considerare l’ambiente cellulare quando si studia la funzione delle proteine.