Tuttavia, in alcune specie, il sesso non è determinato dai cromosomi sessuali. È invece determinata da altri fattori, come l’ambiente o la presenza di determinati geni. Ad esempio, in alcune specie di rettili, il sesso è determinato dalla temperatura alla quale vengono incubate le uova. In alcune specie di pesci, il sesso è determinato dalla presenza o dall'assenza di un singolo gene.
In un caso particolare, il moscerino della frutta *Drosophila melanogaster*, una piccola percentuale di individui si sviluppa come moscerino intersessuale. Questo perché alcune cellule di queste mosche non sono in grado di "dire" se sono maschi o femmine. Queste mosche intersessuali hanno organi riproduttivi sia maschili che femminili e possono essere sterili.
La ragione di questo fenomeno insolito non è del tutto chiara, ma si pensa che sia dovuta a una mutazione in un gene coinvolto nella determinazione del sesso. Questa mutazione fa sì che alcune cellule della mosca si sviluppino con un'identità maschile, mentre altre cellule si sviluppino con un'identità femminile. Di conseguenza, la mosca si sviluppa con organi riproduttivi sia maschili che femminili.