Nel contesto degli enzimi di restrizione, un palindromo è una sequenza di nucleotidi che legge la stessa cosa in avanti e all'indietro su entrambi i filamenti del DNA. Queste sequenze palindromiche fungono da siti di riconoscimento per specifici enzimi di restrizione, che sono proteine ​​che fendono la struttura portante del DNA in corrispondenza o in prossimità delle sequenze bersaglio.

Ciascun enzima di restrizione riconosce e taglia una specifica sequenza palindromica. Ad esempio, l'enzima di restrizione comunemente usato EcoRI si lega e scinde la sequenza palindromica 5'-GAATTC-3'. I due filamenti di DNA avranno le seguenti sequenze complementari nel sito EcoRI:

Filo superiore:5'-...G AATTC... =...CTTAA G...-3'

Trefolo inferiore:3'-...C TTAA G... =...GAATTC...-5'

Il palindromo è evidente nelle sequenze complementari. Quando il DNA viene scisso da EcoRI, anche le due estremità appiccicose risultanti saranno palindromiche, consentendo una facile legatura ad altri frammenti di restrizione con sporgenze compatibili.

Inoltre, alcuni enzimi di restrizione scindono il filamento di DNA all'interno della sequenza di riconoscimento, mentre altri tagliano via alcuni nucleotidi dal sito. Questa proprietà porta rispettivamente a estremità smussate o estremità coese (note anche come "estremità appiccicose") durante la digestione. Comprendere il riconoscimento palindromo e il modello di scissione degli enzimi di restrizione è fondamentale per manipolare e analizzare il DNA nell'ingegneria genetica e nelle applicazioni biotecnologiche.