Agarosio percentuale più elevato (ad es. 1-2%):
* Dimensione dei pori più piccoli: Ciò consente una migliore separazione di frammenti di DNA più piccoli . Il gel agisce come un setaccio, intrappolando più piccoli frammenti, facendoli migrare più lentamente.
* usato per:
* Analisi dei frammenti di DNA inferiori a 1000 coppie di basi (BP)
* Separazione ad alta risoluzione di piccoli frammenti
* Analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione (RFLP)
Agarosio percentuale inferiore (ad es. 0,5-0,8%):
* Dimensione dei pori più grandi: Ciò consente una migrazione più rapida di frammenti di DNA più grandi .
* usato per:
* Separazione frammenti di DNA più grandi (oltre 1000 bp)
* Analisi del DNA genomico
* Elettroforesi in gel a campo pulsato (PFGE) per molecole di DNA molto grandi
Considerazioni chiave:
* Dimensione del frammento: La dimensione dei frammenti di DNA che stai cercando di separare è il fattore principale per determinare la percentuale di gel.
* Risoluzione: I gel percentuali più elevati forniscono una risoluzione più elevata per la separazione di piccoli frammenti, mentre i gel percentuali più bassi sono migliori per separare frammenti di grandi dimensioni.
* Tempo di migrazione: I gel percentuali più elevati rallentano la migrazione, che richiedono tempi di corsa più lunghi. I gel percentuali più bassi consentono una migrazione più rapida.
Esempio:
Se stai analizzando i prodotti di un digest di enzimi di restrizione contenente frammenti che vanno da 500 a 1000 bp, probabilmente sceglieresti un gel di agarosio all'1%. Se stessi analizzando il DNA genomico con frammenti che vanno da 50.000 a 100.000 bp, un gel di agarosio allo 0,7% sarebbe più appropriato.
