* Mancanza di un nucleo: Sia gli arcai che i batteri mancano di un nucleo legato alla membrana, che ospita il loro materiale genetico (DNA).
* Struttura cellulare semplice: Entrambi sono organismi a cellule singole con strutture interne relativamente semplici rispetto alle cellule eucariotiche.
* Dimensione: Sia gli arcai che i batteri sono generalmente di dimensioni ridotte, in genere solo pochi micrometri di diametro.
* Aspetto simile al microscopio: Sotto un microscopio, entrambi i tipi di cellule sembrano molto simili, privi delle complesse strutture interne osservate negli eucarioti.
Tuttavia, i progressi nella biologia molecolare, in particolare l'analisi dell'RNA ribosomiale (rRNA), hanno rivelato differenze significative tra archea e batteri. Queste differenze hanno portato alla riclassificazione di Archaea come dominio separato della vita:
* Sequenze distinte di rRNA: Gli archaea hanno una sequenza di rRNA unica che è significativamente diversa dai batteri, indicando una divergenza evolutiva più profonda.
* Composizione della parete cellulare diversa: Le pareti cellulari dell'archaea sono composte da molecole diverse rispetto alle pareti cellulari batteriche.
* Percorsi metabolici distinti: Gli archaea hanno percorsi metabolici unici che non si trovano nei batteri, compresa la capacità di prosperare in ambienti estremi.
Questa prova molecolare alla fine ha portato al sistema di classificazione a tre domini, che separa la vita in batteri, archea e eucarya.