Euglena gracilis è classificata all'interno del phylum euglenozoa All'interno del regno protista. Ecco una rottura della sua classificazione:

* Dominio: Eukarya

* Regno: Protista

* phylum: Euglenozoa

* Classe: Euglenophyceae

* Ordine: Euglenales

* Famiglia: Euglenaceae

* Genere: Euglena

* Specie: Euglena gracilis

È importante notare che la classificazione degli organismi può cambiare man mano che la comprensione scientifica si evolve.