I flagelli sono appendici lunghe e simili alla frusta che ruotano per spingere i batteri attraverso il loro ambiente. Esistono diversi disposizioni di flagelli, come:
* monotrico: Un flagello a un'estremità.
* Lophotrichous: Un ciuffo di flagelli ad un'estremità.
* Amphitrichous: Flagella ad entrambe le estremità.
* peritrichi: Flagelli su tutta la superficie.
