Ecco perché:
* Batteri gram-positivi avere uno spesso strato peptidoglicano nella parete cellulare. Questo strato intrappola il colorante a viola di cristallo utilizzato nel processo di colorazione, facendo apparire i batteri viola.
* batteri gram-negativi Avere uno strato peptidoglicano più sottile e una membrana esterna. Lo strato peptidoglicano più sottile non mantiene anche il colorante a viola di cristallo, quindi è stato lavato via durante la fase di decolorazione. Tuttavia, questi batteri prendono quindi la controposta (safranina), che li fa apparire rosa.
Pertanto, la tecnica di colorazione Gram differenzia i batteri in base alla struttura della parete cellulare, in particolare allo spessore dello strato peptidoglicano.