Non esiste un singolo nome scientifico per un microrganismo. Il "microrganismo" è un termine generale che si riferisce a qualsiasi organismo troppo piccolo per essere visto ad occhio nudo, incluso:

* Batteri: per esempio. *Escherichia coli*

* Virus: per esempio. *Virus dell'influenza*

* Funghi: per esempio. *Candida albicans*

* Protozoa: per esempio. *Plasmodium falciparum*

* Alghe: per esempio. *Chlamydomonas reinhardtii*

Ognuno di questi gruppi ha il proprio sistema di classificazione scientifica con nomi specifici per le singole specie.