1. Mitocondri: Questi sono responsabili della respirazione cellulare e della produzione di energia. Hanno la loro molecola circolare di DNA, che è separata dal DNA nucleare.
2. Cloroplasti: Questi si trovano nelle cellule vegetali e sono responsabili della fotosintesi. Hanno anche la loro molecola circolare di DNA, separata dal DNA nucleare.
Si pensa che questi organelli abbiano avuto origine da antichi batteri che sono stati inghiottiti dalle cellule eucariotiche, una teoria nota come teoria endosimbiotica. Questo è il motivo per cui hanno il loro DNA e ribosomi, simili ai batteri.