Mentre molti organelli membranosi sono interconnessi (come il reticolo endoplasmatico e l'apparato di Golgi) o comunicano tramite vescicole (come il Golgi ai lisosomi), Ci sono due organelli chiave che si distinguono come indipendenti :

1. Perossisomi: Questi piccoli organelli sferici sono coinvolti nella rottura e nella disintossicazione degli acidi grassi. Hanno il loro set unico di enzimi e si pensa che si formino attraverso l'auto-replicazione (non in erba da altri organelli).

2. Mitocondri: Questi organelli di potenza responsabili della respirazione cellulare hanno il proprio DNA e si ritiene che abbiano avuto origine da antichi batteri che sono stati incorporati nelle cellule eucariotiche. Si riproducono in modo indipendente per fissione binaria.

Nota importante: Esiste ancora ricerche attive sul potenziale per un certo livello di comunicazione o interazione tra perossisomi e altri organelli. Tuttavia, rispetto alla rete interconnessa del sistema endomembrana, sono generalmente considerati più isolati.