1. Sequenza di riconoscimento:
* Specificità: Ogni enzima di restrizione riconosce una sequenza specifica e breve di nucleotidi di DNA. Questa sequenza è in genere lunga 4-8 coppie di basi ed è chiamata sequenza di riconoscimento o sito di restrizione .
* Natura palindromica: Molte sequenze di riconoscimento sono palindromiche, il che significa che leggono gli stessi avanti e indietro sui fili del DNA opposti. Ad esempio, l'enzima Ecori riconosce la sequenza GAATTC, che è la stessa se la leggi da destra a sinistra sul filo complementare (CTTAAG).
2. Cleavage:
* taglio: Una volta che l'enzima di restrizione trova la sua sequenza di riconoscimento, taglia la molecola di DNA in un punto specifico all'interno di quella sequenza.
* Fine appiccicose rispetto alle estremità contunose: Il modo in cui un taglio degli enzimi di restrizione può produrre "estremità appiccicose" o "estremità contundenti".
* Fine appiccicose: L'enzima taglia i filamenti di DNA in diverse posizioni, lasciando sporgenze corte a singolo filamento che possono basare con le sporgenze complementari di altre molecole di DNA tagliate con lo stesso enzima. Ciò è utile per creare molecole di DNA ricombinante.
* Fine contundente: L'enzima taglia entrambi i fili del DNA nella stessa posizione, non lasciando sporgenze.
In sintesi:
I seguenti fattori determinano come un enzima di restrizione taglierà il DNA:
* La sequenza di riconoscimento specifica dell'enzima.
* La posizione di quella sequenza all'interno della molecola di DNA.
* Il modello di scissione specifico dell'enzima (estremità appiccicose rispetto alle estremità contunose).
Esempio:
L'enzima ecori taglia il DNA nella sequenza GAATTC, producendo estremità appiccicose. Ciò significa che taglierà qualsiasi molecola di DNA contenente quella sequenza e i frammenti di DNA risultanti avranno sporgenze a singolo filamento che possono essere utilizzate per la clonazione o altre manipolazioni genetiche.
