1. Modifiche post-traduzionali limitate: I batteri mancano dei macchinari complessi presenti nelle cellule eucariotiche per le modifiche post-traduzionali (PTM). Queste modifiche, come la fosforilazione, la glicosilazione e l'acetilazione, sono cruciali per il corretto piegatura, stabilità e funzione di molte proteine. Questa limitazione può ostacolare la produzione di proteine che richiedono queste modifiche per l'attività.

2. potenziale di tossicità: Alcune proteine, in particolare quelle con proprietà citotossiche o immunogeniche, possono essere dannose per le cellule ospiti batteriche se espresse ad alti livelli. Ciò può portare a una ridotta produzione di proteine o persino alla morte cellulare, rendendo difficile ottenere grandi quantità di proteina desiderata.

Queste limitazioni non sono insormontabili, ma devono essere considerate quando si progettano e implementano sistemi di espressione genica batterica.