È noto come il padre della tassonomia, la scienza degli organismi di classificazione. Ha sviluppato un sistema di nomenclatura binomiale, che dà a ogni specie un nome in due parti unico (genere e specie). Ha anche stabilito un sistema gerarchico di classificazione, raggruppando gli organismi in categorie sempre più inclusive:
* Kingdom
* phylum
* Classe
* Ordine
* Famiglia
* Genere
* Specie
Mentre il sistema di Linneo è ancora il fondamento della classificazione moderna, è stato modificato e ampliato nel corso degli anni poiché gli scienziati hanno acquisito più conoscenze sulle relazioni tra gli organismi. La classificazione moderna tiene conto delle relazioni evolutive e utilizza DNA e altri dati molecolari per perfezionare la classificazione degli organismi.