I modelli molecolari vengono utilizzati per rappresentare la struttura tridimensionale delle molecole e per mostrare la disposizione degli atomi al loro interno. I modelli di riempimento dello spazio mostrano le dimensioni relative degli atomi, mentre i modelli a sfera e bastone mostrano i legami tra gli atomi. I modelli possono aiutare a visualizzare la struttura elettronica delle molecole e a comprendere la relazione tra la struttura di una molecola e le sue proprietà. Possono anche essere utilizzati per prevedere la reattività delle molecole e progettare nuovi composti con proprietà specifiche.

Oltre a mostrare la disposizione degli atomi, i modelli molecolari possono essere utilizzati anche per mostrare le seguenti qualità di un composto e di una struttura chimica:

- Lunghezze di legame

- Angoli di legame

- Angoli diedrali

- Simmetria

- Orbitali molecolari

- Densità elettronica

I modelli molecolari sono uno strumento importante nello studio della chimica e possono aiutare a fornire una migliore comprensione della struttura e delle proprietà dei composti.