Uno dei principali argomenti contro la visione tradizionale dell'Archaeopteryx come diretto antenato degli uccelli è il fatto che manca di alcune delle caratteristiche chiave caratteristiche degli uccelli moderni. Ad esempio, l'Archaeopteryx ha una coda lunga e ossuta, mentre gli uccelli moderni hanno code corte e pigostili. Anche l'Archaeopteryx ha tre dita su ciascuna ala, mentre gli uccelli moderni ne hanno solo due.
Un altro argomento contro la visione tradizionale dell'_Archaeopteryx_ è il fatto che è stato trovato nella stessa formazione geologica del _Compsognathus_, un piccolo dinosauro carnivoro che non è strettamente imparentato con gli uccelli. Ciò suggerisce che l'Archaeopteryx potrebbe aver vissuto insieme ai dinosauri, piuttosto che essere un diretto antenato degli uccelli.
Nonostante queste sfide, la posizione sistematica dell'_Archaeopteryx_ rimane oggetto di dibattito. Alcuni scienziati credono ancora che l'Archaeopteryx sia un fossile di transizione tra i dinosauri e gli uccelli, mentre altri credono che sia un parente stretto dei dinosauri Deinonychus e Velociraptor. Sono necessarie ulteriori ricerche per risolvere questo dibattito.