Tuttavia, ci sono due problemi importanti con questa teoria tradizionale:
1- Le prove fossili mostrano che la vita complessa non si è formata in questo modo. Gli organismi compaiono all'improvviso nella documentazione fossile, già complessi.
2- La competizione darwiniana tra le specie non può essere stata l’unico motore dell’evoluzione della complessità, poiché è stata la competizione all’interno delle specie – così come la cooperazione delle loro cellule – a facilitare l’evoluzione della complessità.
Una teoria inside-out dell'evoluzione della complessità supera questi problemi.
L'idea di un'evoluzione "dentro-fuori" della complessità biologica suggerisce che i genomi stessi possono subire un'evoluzione della complessità.
Implica competizione e cooperazione tra elementi genetici egoistici all’interno del genoma piuttosto che tra specie.
Ad esempio, i trasposoni sono sequenze ripetitive di DNA che possono spostarsi all'interno di un genoma. I trasposoni possono fornire effetti benefici e dannosi al genoma, contribuendo all'evoluzione.
Inoltre, i genomi sono sistemi complessi che si auto-organizzano e creano nuovi cambiamenti genetici ed epigenetici. Questi cambiamenti danno origine a nuovi fenotipi, che possono subire la selezione naturale a livello dell’organismo. Questo meccanismo rovesciato offre una spiegazione più completa per le origini evolutive dei sistemi biologici complessi.
