Gli mRNA con strutture complesse, come quelli contenenti ampie strutture secondarie o nucleotidi modificati, richiedono più tempo e sforzo affinché il ribosoma possa decodificare e tradurre. Questa maggiore complessità di decodifica può portare a ritardi nella sintesi proteica e a una maggiore probabilità di errori o stallo durante la traduzione.
Di conseguenza, gli mRNA con strutture più complesse sono spesso tradotti in modo meno efficiente e hanno una durata di vita più breve rispetto agli mRNA con strutture più semplici. Il meccanismo cellulare riconosce e degrada questi complessi mRNA più rapidamente per prevenire l'accumulo di proteine non funzionali o mal ripiegate.
Inoltre, gli mRNA con strutture complesse sono più suscettibili alla degradazione da parte delle nucleasi cellulari, che sono enzimi che distruggono le molecole di RNA. Le complesse strutture secondarie e le modifiche presenti in questi mRNA possono fornire siti accessibili alle nucleasi per legarsi e avviare la degradazione.
Inoltre, anche la presenza di elementi regolatori all’interno dell’mRNA, come regioni non tradotte (UTR) o siti di legame dei microRNA, può influenzare la stabilità dell’mRNA. Questi elementi possono modulare le interazioni dell'mRNA con le proteine leganti l'RNA, i miRNA e altri fattori regolatori, influenzando così i tassi di turnover dell'mRNA.
Pertanto, gli mRNA con progetti più difficili da decifrare hanno una durata di vita più breve a causa della maggiore complessità di decodifica, della suscettibilità alla degradazione e dell’influenza di elementi regolatori, garantendo un’espressione genica e una funzione cellulare efficienti.
