La sequenza nell'mRNA che completa lo stampo del DNA è chiamata filamento codificante. È il filamento dell'mRNA complementare al filamento modello del DNA. Il filamento modello è il filamento di DNA che viene utilizzato come modello per la sintesi dell'mRNA. Il filamento codificante è il filamento di mRNA che viene effettivamente tradotto in proteina.

Il filamento codificante dell'mRNA è complementare al filamento stampo del DNA in quanto le basi sul filamento dell'mRNA sono complementari alle basi sul filamento del DNA. Ad esempio, se il filamento modello del DNA ha la sequenza 5'-ACTGATC-3', allora il filamento codificante dell'mRNA avrà la sequenza 3'-UGACUAG-5'.

Il filamento codificante dell'mRNA è importante perché è il filamento dell'mRNA che viene effettivamente tradotto in proteina. Il ribosoma legge la sequenza di basi sul filamento codificante dell'mRNA e utilizza queste informazioni per sintetizzare una proteina. La sequenza delle basi sul filamento codificante dell'mRNA determina la sequenza degli amminoacidi nella proteina.