Le singole sacche formate dalla membrana interna dei mitocondri nelle cellule procariotiche ed eucariotiche sono chiamate creste. Queste sono strutture a forma di scaffale che si proiettano nella matrice mitocondriale. Le cristae aumentano la superficie della membrana interna, che è essenziale per la respirazione cellulare. La matrice mitocondriale è lo spazio racchiuso dalla membrana mitocondriale interna. Contiene DNA mitocondriale (mtDNA), ribosomi, enzimi e altre molecole necessarie per la funzione mitocondriale.