La struttura rotonda di colorazione scura all'interno del nucleo è nota come nucleolo . È il sito della sintesi dei ribosomi, dove l'RNA ribosomiale (rRNA) viene trascritto ed elaborato e dove vengono assemblati i ribosomi. Il nucleolo non è circondato da una membrana ed è invece composto da molecole di DNA, proteine ​​e RNA densamente impacchettate. È spesso visibile al microscopio come una struttura sferica distinta all'interno del nucleo.