Lo zigote di Rhizopus risulta dall'unione di due ife aploidi. Lo zigote maturo è multinucleato e subisce la meiosi per formare quattro nuclei aploidi. Questi nuclei migrano poi verso la periferia dello zigote e vengono circondati dalle pareti cellulari, formando quattro nuove ife aploidi.
Le strutture trovate su entrambi i lati dello zigote Rhizopus sono chiamate rizoidi. I rizoidi sono ife che crescono dallo zigote e aiutano ad ancorarlo al substrato. I rizoidi assorbono anche i nutrienti dal substrato e li trasportano allo zigote.