Il diaframma di un microscopio si trova generalmente sotto il tavolino, dove controlla la quantità di luce che passa attraverso il campione e risale il tubo del microscopio fino all'oculare o agli oculari o alla fotocamera. Viene utilizzato per regolare la luminosità e il contrasto dell'immagine vista al microscopio.

Alcuni microscopi possono avere più diaframmi, come un diaframma di campo e un diaframma a iride. Questi diaframmi possono essere regolati per controllare la dimensione e la forma del fascio luminoso nonché la quantità di luce che lo attraversa, consentendo un controllo più preciso della qualità dell'immagine e della visibilità delle caratteristiche del campione.