1. Enzimi:
* Nucleasi: Questi enzimi abbattono il DNA. Ci sono due tipi principali:
* DNasi: Degradare specificamente il DNA.
* RNasi: Degradare l'RNA, ma può anche scindere il DNA in determinate condizioni.
* Protease: Questi enzimi abbattono le proteine, che possono legarsi al DNA e rendono difficile isolare.
2. Polimeri:
* Polisaccaridi: Questi carboidrati possono formare gel appiccicosi che intrappolano il DNA. Esempi includono glicogeno nelle cellule animali e amido nelle cellule vegetali.
* Proteine: Come accennato, le proteine possono legarsi al DNA e ostacolarne l'estrazione.
* Lipidi: I grassi e gli oli possono interferire con le precipitazioni del DNA e rendere difficile rimuovere dalla soluzione.
3. Altri componenti cellulari:
* cellulosa e lignina: Questi sono componenti strutturali delle pareti cellulari vegetali e possono essere difficili da rimuovere, ostacolando l'isolamento del DNA.
* Metaboliti secondari: Questi composti possono essere prodotti da piante e animali e interferiscono con l'estrazione del DNA. Esempi includono tannini, alcaloidi e pigmenti.
* sali: Alte concentrazioni di sali possono interrompere le precipitazioni del DNA e ostacolarne la purificazione.
4. Contaminazione:
* DNA microbico: Il DNA da batteri, funghi o altri microrganismi può contaminare campioni.
* DNA ambientale: Anche il DNA da fonti come il suolo, l'acqua o l'aria possono contaminare campioni.
Per affrontare queste sfide, i protocolli di estrazione del DNA spesso includono passaggi che:
* Cellule lyse: Per aprire la membrana cellulare e rilasciare il DNA.
* Enzimi inattivati: Attraverso il trattamento termico, gli inibitori chimici o l'interruzione meccanica.
* Rimuovere le sostanze interferenti: Attraverso filtrazione, precipitazioni o altri metodi.
* Purifica DNA: Utilizzo di tecniche come la precipitazione di etanolo o la cromatografia a colonna.
È importante considerare il tipo specifico di cellula e l'applicazione prevista quando si sceglie un metodo di estrazione del DNA appropriato.
