È considerato il padre della tassonomia, la scienza degli organismi di classificazione. Il suo sistema, noto come tassonomia Linnaean, utilizza un sistema gerarchico di classificazione, con organismi raggruppati in categorie sempre più specifiche:
* Kingdom
* phylum
* Classe
* Ordine
* Famiglia
* Genere
* Specie
Il lavoro di Linnaeus è stato rivoluzionario per il suo tempo e ha gettato le basi per la moderna classificazione biologica.