1. Dati utilizzati:
* diversi tipi di dati: Le analisi che utilizzano diversi tipi di dati (ad es. Morfologia vs. sequenze di DNA) possono portare a diverse topologie degli alberi perché caratteri diversi forniscono diversi segnali filogenetici.
* sottoinsiemi di dati diversi: Anche se viene utilizzato lo stesso tipo di dati, analizzare diversi sottoinsiemi di caratteri (ad esempio, usando solo geni codificanti per proteine anziché tutti i geni) può portare a risultati diversi.
* Diversa qualità dei dati: Gli errori nei dati (ad es. Identificazione errata di taxa, errori di sequenziamento) possono influenzare i risultati.
2. Metodi analitici:
* diversi metodi filogenetici: Diversi metodi fanno ipotesi diverse su come si verifica l'evoluzione del personaggio. Ad esempio, la parsimonia, la massima probabilità e l'inferenza bayesiana utilizzano diversi criteri di ottimalità e possono portare a diverse topologie degli alberi.
* Parametri del modello diversi: Anche all'interno dello stesso metodo, diversi parametri del modello (ad esempio, tassi evolutivi, modelli di sostituzione) possono influire sui risultati.
* Algoritmi di ricerca diversi: Gli algoritmi specifici utilizzati per cercare l'albero migliore possono influire sui risultati. Alcuni algoritmi potrebbero avere maggiori probabilità di trovare Optima locale piuttosto che Optimum globale.
3. Fattori biologici:
* Trasferimento genico orizzontale: In alcuni casi, i geni possono essere trasferiti orizzontalmente tra specie non correlate. Questo può rendere difficile dedurre un singolo albero accurato.
* Ordinamento del lignaggio incompleto: Quando le specie strettamente correlate divergono rapidamente, alcuni polimorfismi ancestrali possono essere trattenuti in diversi lignaggi, portando a segnali filogenetici fuorvianti.
* Evoluzione convergente: Tratti simili possono evolversi indipendentemente in diversi lignaggi a causa di simili pressioni ambientali, rendendo difficile distinguere l'omologia dall'omoplasia.
4. Stocasticità:
* L'inferenza filogenetica è probabilistica: Anche con gli stessi dati e metodi, c'è sempre un certo grado di incertezza nelle relazioni inferite, in particolare con dati limitati. Questa stocasticità intrinseca può portare a diverse topologie degli alberi.
In sintesi:
Diverse topologie degli alberi possono derivare da una complessa interazione di fattori relativi ai dati, ai metodi analitici, ai processi biologici e alla stocasticità intrinseca. È importante considerare tutti questi fattori nell'interpretazione dei risultati filogenetici ed essere consapevoli dei limiti di ogni singola analisi.
