1. Incapacità di applicarsi agli organismi asessuali: Il concetto di specie biologiche definisce una specie come un gruppo di organismi che possono incrociarsi e produrre una progenie fertile. Gli organismi asessuali, come i batteri e alcune piante, si riproducono senza accoppiamento, quindi questo concetto non si applica a loro. Determinare i confini delle specie in questi organismi richiede altri metodi come l'analisi genetica.

2. Difficoltà nell'applicazione dell'ibridazione delle specie: Alcune specie possono incrociarsi e produrre una prole fertile, anche se sono considerate specie distinte. Questo è comune nelle piante e si verifica anche in alcuni animali. Ad esempio, il lupo grigio e il coyote possono incrociarsi, rendendo difficile applicare il concetto di specie biologiche in questi casi. Questa ambiguità può portare al disaccordo su dove finisce una specie e un'altra inizia.