TR-nMS e UVPD da 193 nm per esplorare le alterazioni indotte dalla mutazione sulla stabilità proteica e sulla dinamica di sviluppo. Crediti:Luo Pan e Liu Zheyi
Il modo in cui le mutazioni incidono sulla stabilità delle proteine e sulla dinamica della struttura è fondamentale per comprendere il meccanismo molecolare della malattia e la progettazione di farmaci mirati. Tuttavia, sondare i dettagli molecolari della dinamica della struttura sottile indotta dalla mutazione è ancora impegnativo.
Un gruppo di ricerca guidato dal Prof. Wang Fangjun del Dalian Institute of Chemical Physics (DICP) dell'Accademia cinese delle scienze ha sviluppato una strategia di spettrometria di massa nativa risolta nel tempo (TR-nMS) accoppiata con l'analisi della fotodissociazione ultravioletta (UVPD). Questa strategia può interrogare le sottili alterazioni indotte dalla mutazione nella stabilità delle proteine e nelle dinamiche di sviluppo della struttura. Lo studio è pubblicato sul Journal of American Chemical Society .
I ricercatori hanno avviato il processo di dispiegamento delle proteine mescolando la proteina in linea con acido formico. Con la spettrometria di massa nativa (nMS) e la ionizzazione elettrospray non denaturante (nESI), hanno monitorato le specie e le relative intensità degli intermedi di dispiegamento delle proteine iniziate dall'acido attraverso le distribuzioni uniche dello stato di carica (CSD) e hanno caratterizzato quantitativamente le mutazioni M42T/H114R alterazioni della stabilità indotta delle proteine bersaglio.
Inoltre, i ricercatori hanno utilizzato metodi UVPD e spettrometria di massa di ioni frammento per confrontare quantitativamente la struttura dinamica e i dettagli molecolari degli intermedi di dispiegamento della diidrofolato reduttasi di tipo selvaggio (DHFR) e del mutante.
L'analisi UVPD ha rivelato lo speciale effetto stabilizzante del cofattore nicotinammide adenina dinucleotide fosfato (NADPH) sulla struttura DHFR e che le mutazioni M42T/H114R potrebbero ridurre le interazioni non covalenti NADPH-DHFR, inclusi i residui I41, Q65, V78, D79, I82 , e R98, favorendo così una diminuzione della stabilità.
"Questo lavoro fornisce una nuova tecnica per studiare le dinamiche delle strutture sottili e i meccanismi patologici indotti dalla mutazione", ha affermato il prof. Wang.
Ulteriori informazioni: Pan Luo et al, La spettrometria di massa con fotodissociazione ultravioletta risolta nel tempo sonda le alterazioni indotte da mutazioni nella stabilità delle proteine e nelle dinamiche di sviluppo, Journal of the American Chemical Society (2024). DOI:10.1021/jacs.4c00316
Informazioni sul giornale: Giornale dell'American Chemical Society
Fornito dall'Accademia cinese delle scienze