Le montagne innuitane si trovano nell'Artico canadese, una regione dominata da permafrost e ghiacciai. Mentre ci sono numerosi laghi e fiumi all'interno della catena montuosa, i corpi d'acqua Associati alle montagne innuitane si trovano principalmente sulle coste e nelle isole circostanti :

* Oceano artico: Questo è il più grande specchio d'acqua che circonda le montagne innuitane, che comprende i suoi confini settentrionali e occidentali.

* Baffin Bay: Una grande baia situata ad est delle montagne innuiziane, separando l'isola di Baffin dalla Groenlandia.

* Lancaster Sound: Uno stretto che separa l'isola di Baffin dall'isola del Devon, che fa parte del passaggio nord -occidentale.

* Jones Sound: Uno stretto che separa l'isola del Devon dall'isola di Ellesmere, anch'essa parte del passaggio nord -occidentale.

* Davis Strait: Uno stretto tra la Groenlandia e l'isola di Baffin, che collega Baffin Bay all'Oceano Atlantico.

* Stretto di Hudson: Uno stretto che collega Hudson Bay all'Oceano Atlantico, situato a sud delle montagne innuitane.

Nota: Mentre esistono numerosi laghi e fiumi all'interno delle montagne innuitane, sono generalmente più piccoli e non considerati "corpi idrici principali" come quelli sopra menzionati.