Prima di utilizzare l’eDNA per il rilevamento delle specie invasive, i ricercatori dovrebbero innanzitutto selezionare le specie target che stanno cercando e raccogliere campioni di riferimento. Ciò comporta l’ottenimento di campioni di DNA noti dalle specie invasive di interesse. I campioni di riferimento sono fondamentali per creare un database di riferimento dell'eDNA, che verrà utilizzato per il confronto con l'eDNA raccolto dal corso d'acqua. Disporre di campioni di riferimento accurati e rappresentativi è un passo fondamentale per garantire l’efficacia e la specificità della sorveglianza dell’eDNA per le specie invasive bersaglio.