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    Il COVID-19 segnerà la fine della pubblicazione scientifica come la conosciamo?

    La pandemia in corso ha unito i ricercatori di tutto il mondo. Questo grafico, sulla base dei dati raccolti dal bibliotecario del programma di valutazione Chan Li, illustra la natura globale della ricerca della UC Berkeley su COVID-19, con punti sulla mappa che mostrano le posizioni dei ricercatori che hanno collaborato con gli autori di Berkeley su una serie di nove studi pubblicati all'inizio di quest'anno. Gli studi, raggruppati per colore, esplorano argomenti che vanno dal ruolo della robotica nella gestione delle malattie infettive alle politiche per proteggere le comunità a basso reddito nelle aree urbane. La zona della baia, ampiamente rappresentato in tutti e nove gli studi, è rappresentato con una ruota dei colori. Credito:Università della California - Berkeley

    Randy Schekman si sta stancando un po' di parlarne.

    Ma allora, questa potrebbe essere l'ultima volta che deve farlo.

    "L'argomento per l'accesso aperto è così ovvio, è doloroso doverlo ripetere, "dice Schekman, un premio Nobel 2013 e biologo dell'UC Berkeley. "Il pubblico paga per la ricerca, eppure non possono leggere la ricerca. I medici non hanno accesso alla letteratura:le startup biotecnologiche in prima linea nella scoperta non possono permettersi le licenze".

    "È ovvio che questo è il modo in cui deve essere, " lui dice.

    Sotto la pressione di una crisi sanitaria globale, l'argomento per l'accesso aperto è affondato. A seguito delle richieste dell'Organizzazione mondiale della sanità e dei leader di governo, oltre 150 editori, aziende, e gli istituti di ricerca hanno accettato di rendere temporaneamente libero di leggere tutti i contenuti relativi a COVID-19, garantire che gli sforzi per comprendere il virus possano andare avanti imperterriti.

    Il risultato assomiglia alla staffetta più epica della storia. Dozzine, a volte centinaia, di studi sono pubblicati quotidianamente, con code di citazioni che fanno il giro del mondo. Le mutazioni genetiche del virus, indizi della sua diffusione, riempiono i database a migliaia. E una nuova cultura della condivisione dei dati ha alimentato la collaborazione scientifica come mai prima d'ora.

    Quindi ora la domanda è:è questo il catalizzatore che spezza i legami di un vecchio modello editoriale una volta per tutte?

    "Questa potrebbe essere l'ultima volta che parliamo di avere un accesso speciale ai documenti a causa di una pandemia, " dice Schekman.

    Una nuova frontiera

    Al di fuori delle emergenze sanitarie, la velocità con cui le scoperte della ricerca si fanno strada in tutto il mondo non è così rivoluzionaria.

    Infatti, dopo che un ricercatore ha inviato uno studio a una rivista, possono volerci diversi mesi, o anche un anno o più, prima che il giornale veda la luce del giorno.

    "Spesso è un processo molto lento, "dice Jade Benjamin-Chung, un epidemiologo e docente presso la School of Public Health della UC Berkeley.

    Una volta pubblicato, il contenuto è sigillato lontano dalla maggior parte, disponibile solo tramite pesanti licenze del sito o un addebito di circa $ 30 per articolo. Membro del pubblico, le cui tasse finanziano gran parte della produzione scientifica della nazione, può visionare il materiale solo dopo un periodo di embargo da sei mesi a quattro anni, a seconda del giornale.

    "È una racchetta, " dice Schekman.

    Le cose sono diverse ora, durante una pandemia. La maggior parte delle principali riviste ha temporaneamente abbattuto i paywall per i contenuti COVID-19, citando il loro impegno a sostenere la ricerca sulla malattia. Molti editori stanno anche inviando rapidamente materiale relativo al COVID-19.

    Ancora, mentre i laboratori di tutto il mondo sfornano studi su questa malattia, i giornali non riescono a tenere il passo. Anziché, i ricercatori si stanno rivolgendo ai preprint:versioni ad accesso aperto dei documenti di ricerca condivise prima della revisione o della pubblicazione ufficiale. Gli scienziati pubblicano i loro manoscritti in repository aperti noti come server di prestampa, dove altri possono leggere e discutere i risultati.

    I server sono esplosi di contenuti negli ultimi mesi. entro giugno, più di 5, 000 articoli sul virus erano stati inviati ai principali server per la biologia e la medicina, bioRxiv e medRxiv (pronunciato "bio-archivio" e "med-archivio").

    Il fascino dei preprint è chiaro:accesso e velocità. L'accesso istantaneo alla letteratura scientifica può salvare i ricercatori da esperimenti inutilmente ripetuti, Per esempio. Ma c'è un problema:i preprint devono ancora essere sottoposti a revisione paritaria, il test standard della buona scienza.

    (La maggior parte dei server di prestampa di grandi dimensioni dispone di alcune misure di controllo della qualità, anche se. Preprint su bioRxiv e medRxiv, Per esempio, sono vagliati da esperti in materia e membri dello staff, con filtri più severi per i contenuti COVID-19.)

    "Un enorme vantaggio della rapida pubblicazione delle informazioni è che può informare immediatamente altre ricerche, " Dice Benjamin-Chung. "Ma ciò che significa è che se useremo una prestampa per informare il nostro studio, dobbiamo esaminarlo molto attentamente noi stessi."

    Con il suo gruppo di ricerca, Benjamin-Chung ha esaminato attentamente i dati sui test COVID-19 negli Stati Uniti e in altri paesi, l'applicazione di modelli statistici per stimare quale potrebbe essere stato il conteggio dei primi casi negli Stati Uniti significava eseguire test più robusti.

    La stima della sua squadra? Circa nove volte di più di quanto riportato, o circa 6,3 milioni di infezioni entro il 18 aprile, secondo la prestampa.

    "Se testiamo principalmente le persone che hanno sintomi, specialmente quelle più sintomatiche, vediamo solo la punta dell'iceberg, " Benjamin-Chung dice. "C'è un sacco di trasmissione che probabilmente sta avvenendo nella comunità che non stiamo catturando".

    Il modello è stato informato da molti articoli e preprint, compresi studi che hanno testato casualmente individui asintomatici per il virus e studi che esaminano l'accuratezza dei test diagnostici.

    "Stiamo esaminando studi da tutto il mondo, " dice. "E se altri ricercatori non hanno pubblicato i loro preprint, non avremmo potuto sviluppare il nostro modello così rapidamente".

    Meglio, Più veloce, più forte

    Quando si tratta di adattare l'editoria accademica a una pandemia, anche se, le preprint sono solo una parte dell'equazione. C'è un oceano di scoperte importanti immediatamente disponibili, ma anche un oceano di studi, alcuni profondi, alcuni dubbi:da attraversare.

    Ancora qui, l'accesso aperto sarà essenziale, dicono i ricercatori. Se un grosso collo di bottiglia nell'editoria è il processo spesso prolungato di revisione paritaria, la soluzione assomiglia a una rete globale di scienziati schierati tutti in una volta.

    Una di queste coalizioni è Rapid Reviews:COVID-19, un innovativo giornale ad accesso aperto recentemente lanciato da UC Berkeley e MIT Press. Costruito per trovare un equilibrio tra velocità e rigore, il giornale utilizza un software di apprendimento automatico (sviluppato presso il Lawrence Berkeley National Laboratory) insieme a un team globale di volontari per raccogliere e vagliare decine di preprint ogni settimana. Raschiare Internet per informazioni come menzioni sui social media e relazioni universitarie, il team è in grado di identificare rapidamente studi promettenti che necessitano di revisione.

    Al centro di quel modello c'è un ampio accesso aperto alla letteratura, dice Hildy Fong Baker, caporedattore della rivista.

    "Vogliamo avere un ecosistema editoriale che funzioni sia per gli scienziati che stanno conducendo ricerche sia per i membri del pubblico che vogliono capirlo, e chi potrebbe avere una vita migliore grazie ad esso, "dice Baker, chi è il direttore esecutivo del Center for Global Public Health dell'UC Berkeley e del Center for Global Health Delivery dell'UC Berkeley-UCSF, Diplomazia, ed Economia. "L'accesso aperto è una parte fondamentale di questo".

    "Abbiamo bisogno dell'accesso a quei server aperti per fare questo lavoro, " dice. "Se non l'avessimo, non avremmo nulla da recensire."

    Anche senza giornali, anche se, Internet ha messo insieme la sua avanguardia virtuale:il pubblico. Perché tutto è allo scoperto, una sorta di sistema di revisione paritaria ad hoc è emerso attraverso forum scientifici e social media, ripreso da ricercatori di tutto il mondo.

    "Se (uno studio) è di interesse, le persone lo esaminano da soli e iniziano a commentare subito, " dice Martyn T. Smith, un professore di tossicologia all'Università di Berkeley.

    All'inizio di quest'anno, due preprint dalla Germania e dalla Cina hanno rivelato come il virus SARS-CoV-2, che causa il COVID-19, si lega a un enzima essenziale per la sua replicazione, adattandosi alla forma unica dell'enzima come una chiave in una serratura. (Una volta fidanzato, quell'enzima inizia a tagliare le stringhe del materiale genetico del virus in nuovi virus per bambini.)

    Dotato di quegli indizi, Smith e altri ne hanno testati più di 2, 500 composti naturali in una simulazione al computer 3D per vedere se qualcuna di queste sostanze chimiche potrebbe invece legarsi con l'enzima, riempiendo il buco della serratura e bloccando il virus.

    L'obiettivo. il gol, Smith dice, consiste nell'identificare alimenti naturali e integratori che potrebbero fornire un po' di sollievo contro il coronavirus in assenza di farmaci approvati o di un vaccino.

    "Siamo molto interessati all'idea di, cosa spiega le persone che hanno una certa suscettibilità al virus e altre persone no?" Dice Smith. "E pensiamo che la dieta potrebbe svolgere un ruolo importante".

    In definitiva, lo studio (non ancora sottoposto a revisione paritaria) ha rilevato che gli alimenti ricchi di flavonoidi, tra cui molte verdure, frutta, e alcuni tè, possono aiutare a scongiurare l'infezione. (Diversi studi recenti hanno raggiunto conclusioni simili.)

    Poco dopo la pubblicazione della prestampa, altri ricercatori hanno commentato che esagerare anche con i composti naturali potrebbe essere dannoso, a cui Smith ha risposto rapidamente. (Lo studio mette in guardia contro l'assunzione eccessiva di flavonoidi.)

    "Il punto di avere studi pubblicati in questo modo è che i dati sono lì per essere valutati da persone qualificate, "Schekman dice. "Non è solo un articolo di giornale, è un articolo accompagnato da dati".

    "Una mentalità da cowboy"

    Per tutti i loro benefici, le preprint hanno avuto un'ascesa alla fama un po' lenta.

    Il primo server di prestampa, arXiv, è stato lanciato nel 1991, al Laboratorio Nazionale di Los Alamos, come deposito remoto per nuovi lavori in fisica. Mentre i preprint sono stati a lungo popolari nei campi della fisica, matematica, e informatica, hanno preso piede solo di recente in biologia e medicina, con il lancio di bioRxiv e medRxiv nel 2013 e nel 2019, rispettivamente.

    Quella traiettoria ha qualcosa a che fare con l'onnipotente presa degli editori sulla borsa di studio, Schekman dice, e l'ampia richiesta di cambiamento da parte dei ricercatori.

    "I giornali avevano una politica di embargo molto forte, "dice Schekman, ex caporedattore della rivista ad accesso aperto eLife. "Riviste commerciali come Cellula solevano dire ai loro autori che se parli di questi risultati in un simposio, possiamo ritirare la carta da considerazione.

    "Sono stati costretti a cedere su questo."

    Oggi, quasi tutte le principali riviste consentono o, in alcuni casi, incoraggiare i ricercatori a pubblicare i loro studi sui server prima della pubblicazione. Molte riviste hanno persino iniziato a promettere sui loro siti Web che così facendo non si danneggerà la possibilità di pubblicazione di un giornale su tutta la linea.

    Da allora hanno avuto un aumento vertiginoso. Secondo uno studio su eLife, più preprint sono stati pubblicati su bioRxiv nel 2018 rispetto ai quattro anni precedenti messi insieme.

    Ma la resistenza resta. Anche adesso, alcune riviste vietano la condivisione della prestampa. Altri sono ambigui riguardo alle loro politiche.

    Abitudini, pure, sono lenti a cambiare, dice Schekman. Per una cosa, i ricercatori hanno paura di essere "scoperti" - che i loro esperimenti e dati vengano copiati da altri. Un ricercatore nel campo di Schekman, infatti, si erano rifiutati di pubblicare uno studio sul sito bioRxiv perché avrebbe "dato un vantaggio ai loro concorrenti, "ricorda.

    "(Il ricercatore) voleva trattenere i risultati il ​​più a lungo possibile, " Schekman dice. "Questo è un atteggiamento, ma è uno che rifiuto".

    "Fa parte della cultura, la cultura tossica nella borsa di studio che favorisce l'individuo rispetto alla collegialità e alla cooperazione, " continua. "È una mentalità da cowboy".

    Allo stesso tempo, i messaggi dei diari in merito alle preprint sono stati tutt'altro che brillanti. Nel 2016, Emilia Marcus, poi caporedattore di Cellula e CEO di Cell Press, scoraggiato i ricercatori dal citare preprint, dicendo che farlo sosterrebbe uno "pseudo-articolo che si intrufola nella credibilità attraverso una porta sul retro".

    L'effetto di tale segnalazione è stato chiaro e, in alcuni casi, paralizzante. Secondo uno studio del 2018 sulla rivista ad accesso aperto Medicina OLP , i preprint hanno accelerato significativamente la diffusione della ricerca durante l'epidemia di Zika del 2015-16 e l'epidemia di Ebola del 2013-16. Ma solo il 5% degli articoli sulle due malattie è stato inizialmente pubblicato come preprint, lo studio ha trovato.

    Anche i dati cruciali sono stati tenuti segreti. Secondo un bollettino dell'OMS del 2016, sono state le "carenze con i meccanismi di condivisione dei dati esistenti" che alla fine hanno bloccato il progresso scientifico sull'Ebola. L'OMS ha chiesto l'accesso aperto ai dati della ricerca nelle emergenze di salute pubblica a venire.

    "Non puoi sederti su questa roba, "dice Ann Glusker, La sociologia di Berkeley, demografia, e bibliotecario di ricerca quantitativa ed ex epidemiologo. "Se lo metti là fuori, informerai gli altri su come procedere, e ne salverai migliaia, milioni, di vite, potenzialmente.

    "Anche se devi ancora tenere d'occhio le preprint, sono tutto ciò che abbiamo proprio ora, "dice. "Non puoi semplicemente fare il pollice sul naso e dire, 'Oh, i dati semplicemente non sono disponibili.'"

    "Ci sarà una rivoluzione"

    Per Benjamin-Chung, l'epidemiologo di Berkeley, la speranza è che l'attuale aumento della condivisione dei dati si espanda solo in un mondo post-pandemia.

    Così com'è, anche le riviste aperte che impongono la condivisione dei dati hanno una conformità bassa o traballante, lei dice, con i dati della ricerca in ritardo, inaccessibile, o del tutto mancante.

    "Tutti riconoscono che conservare i dati in questo momento ci impedirà solo di fare progressi su COVID-19, " Benjamin-Chung dice. "Quello che mi piacerebbe vedere dopo la fine di questa (pandemia) è che il modo in cui condividiamo i dati diventa più solido.

    "Se dici che questo articolo contiene davvero dati aperti, Mi piacerebbe avere un link per accedere ai dati per essere lì."

    Perché ciò accada, sarà necessario un cambiamento di paradigma:dai ricercatori abituati ad accumulare dati alle riviste commerciali che da tempo danno loro ragioni per farlo.

    E la pressione è alta:la Casa Bianca sta ora valutando una politica per imporre che tutte le ricerche finanziate dal governo federale siano pubblicate ad accesso aperto, anche al di fuori delle pandemie. (Gli editori si sono radunati in segno di protesta, scrivendo una lettera al presidente Donald Trump avvertendo che la politica "metterebbe in pericolo la proprietà intellettuale delle organizzazioni americane" e "ci obbligherebbe a darla via gratuitamente al resto del mondo".)

    Senza tali leggi, gli editori si allontaneranno inevitabilmente dall'accesso aperto una volta che i cieli cominceranno a schiarirsi.

    proveranno a, almeno.

    "Spero che ci sarà una rivoluzione quando (i giornali) cominceranno a cercare di ottenere di nuovo denaro per i loro contenuti, " dice Glusker. "Ma questo è un discorso diverso."


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