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    I ricercatori scoprono che la refrigerazione o l’essiccazione all’aria dei campioni di terreno per studi futuri conserva importanti dettagli microbici
    Credito:dominio pubblico Unsplash/CC0

    Il ricercatore post-dottorato Joe Edwards e la studentessa laureata Sarah Love, entrambi dell'Università del Tennessee presso il Dipartimento di Ecologia e Biologia Evoluzionistica di Knoxville, hanno pubblicato questa primavera risultati che possono far risparmiare ai colleghi ricercatori molto tempo ed energia quando si conservano campioni di terreno per dopo. studio del loro contenuto microbico.



    Il lavoro appare sulla rivista Soil Biology and Biochemistry .

    Il metodo preferito per conservare campioni di terreno per lo studio dei microbi è stato per lungo tempo quello di congelarli per mantenere intatto il DNA per studi che potrebbero aver bisogno di estrarre informazioni anni dopo. Lo svantaggio è la necessità di alimentare questi congelatori e di mantenere le strutture per ospitarli.

    Edwards e Love hanno esaminato un'ampia gamma di campioni di terreno. La loro analisi indica che il terreno conservato in condizioni refrigerate o essiccate all'aria può ancora conservare le informazioni necessarie per comprendere la composizione e la struttura della comunità microbica per molti anni.

    "Volevamo dimostrare che questi terreni essiccati all'aria erano ancora utili per comprendere le comunità microbiche del suolo", ha affermato Edwards. "Stiamo utilizzando i microbi del suolo essiccato provenienti da un database nazionale archiviato per esaminare i modelli spaziali a lungo termine a livello continentale nelle comunità fungine e confrontarli con i dati del censimento delle foreste provenienti da tutti quegli stessi appezzamenti."

    Questo database del suolo memorizza la cronologia dei cambiamenti ecologici in un'area per lunghi periodi di tempo. I ricercatori vogliono studiare questi terreni con metodi relativamente nuovi per costruire una cronologia dei cambiamenti ecologici nei funghi a livello microbico.

    "Questa tecnologia di sequenziamento microbico è stata utilizzata forse solo negli ultimi 10-15 anni circa", ha affermato Edwards. "Non abbiamo traiettorie a lungo termine per questi microbiomi. La cosa bella di questi archivi è che sono stati campionati più di una volta, quindi abbiamo più ricampionamenti. Possiamo osservare quanto di quella comunità cambia nel tempo e ottenere modelli storici per loro, cosa che in realtà nessuno ha ancora fatto."

    I risultati ottenuti da Edwards e Love mostrano che i campioni di terreno conservati a secco possono essere estremamente utili per studiare come le proprietà del suolo e le comunità fungine cambiano nel corso di periodi più lunghi, potenzialmente fino a decenni.

    "Ciò che dicevamo nel giornale è un po' sfumato", ha detto Edwards. "Siamo riusciti a mantenere la varianza ambientale che è stata spiegata nella comunità microbica. Il metodo non è altrettanto affidabile se si tenta semplicemente di tracciare taxa specifici di funghi nel tempo. Ma per osservare modelli ampi nella diversità e nella comunità della comunità composizione, è utile. Possiamo avere una buona idea della forma complessiva di queste comunità mentre cambiano nello spazio e nel tempo."

    Conoscere l'affidabilità delle informazioni archiviate disponibili può aiutare i futuri ricercatori a sapere che i loro campioni forniranno loro i dati accurati di cui hanno bisogno.

    Edwards e Love applicheranno i risultati stessi alla fase successiva della loro ricerca sul suolo:sequenziare migliaia di terreni essiccati all'aria provenienti da tutto il paese. Le informazioni che trovano possono offrire una nuova importante comprensione dei modelli di cambiamento globali a lungo termine.

    Ulteriori informazioni: Joseph D. Edwards et al, Metodi di conservazione del suolo a lungo e a breve termine diversi dal congelamento possono essere utili per l'analisi della comunità microbica basata sul DNA, Biologia e biochimica del suolo (2024). DOI:10.1016/j.soilbio.2024.109329

    Fornito dall'Università del Tennessee a Knoxville




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