L'appello alla comunità scientifica, pubblicato sulla rivista Nature , si basa sull'esperienza acquisita dal coordinamento dell'archivio di metadati della rete AviSample, che attualmente contiene i metadati di oltre 35.000 campioni di quasi 500 specie di uccelli.

La comunità scientifica ha sistematicamente ottimizzato le attività di ricerca e sono numerose le iniziative che perseguono attivamente questo obiettivo. Il progetto guidato da Brlík spinge ulteriormente questi sforzi:"La nostra iniziativa dimostra che la disponibilità e la tracciabilità delle informazioni di base sui campioni (i cosiddetti metadati) ha il potenziale per rendere la ricerca scientifica più efficiente, risparmiare risorse finanziarie e umane e diversificare i gruppi di ricerca a livello globale."

E aggiunge:"Questa iniziativa non riguarda la conservazione dei campioni fisici o dei dati. A noi interessano solo le informazioni di base sui campioni biologici, in poche parole quando, dove e come i campioni sono stati raccolti e come vengono conservati. Condivisione questi metadati sono poco costosi, applicabili a livello globale e facilitano l'uso di campioni già raccolti, a vantaggio sia dei proprietari dei campioni che dei ricercatori che li utilizzeranno."

Il principio di condividere i metadati dei campioni e di riutilizzare i campioni esistenti è vantaggioso in molti modi. Il reporting centralizzato e standardizzato dei metadati dei campioni consente di vedere facilmente quali campioni sono attualmente disponibili senza richiedere comunicazioni con i colleghi o costose raccolte di nuovi campioni.

La condivisione dei metadati potrebbe quindi semplificare le attività scientifiche, soprattutto nelle aree meno esplorate e di difficile accesso, rafforzando al tempo stesso le collaborazioni chiave con gli scienziati locali. Allo stesso modo, riportare i metadati dei campioni aiuterebbe gli scienziati la cui ricerca si concentra su specie in via di estinzione o su larga scala spaziale.

"L'idea iniziale di questa iniziativa è nata durante i miei studi di dottorato, quando cercavo campioni di piume provenienti da una vasta area dell'Africa sub-sahariana. Avevo campioni del nostro gruppo di ricerca, ma avevo bisogno di ampliare il dataset considerevolmente.

"Abbiamo scritto ai colleghi in Svezia e Svizzera che sospettavamo avessero campioni simili provenienti da altre località dell'Africa. E fortunatamente si è scoperto che li avevano effettivamente. Sebbene abbiano raccolto i campioni principalmente per uno scopo completamente diverso, siamo riusciti a coprire gran parte della regione dell'Africa sub-sahariana attraverso questo sforzo congiunto, che non sarebbe stato possibile senza la cooperazione con i colleghi", afferma Brlík, descrivendo le origini dell'attuale progetto.

Nel 2022, Brlík e un team di colleghi (in particolare Pavel Pipek del Dipartimento di Ecologia, Facoltà di Scienze, Università Carolina e Petr Procházka dell'Istituto di Biologia dei Vertebrati del CAS) hanno creato il repository di metadati della rete AviSample. In questo database, gli ornitologi possono ora inserire i metadati dei campioni di uccelli, ovvero dove, quando e come è stato raccolto il campione, da quali specie di uccelli e come questi campioni vengono conservati.

Il database attualmente include informazioni su quasi 500 specie di uccelli e sono disponibili metadati per oltre 35.000 campioni. L'archivio ha un numero di ambasciatori che sono coinvolti nella diffusione dell'iniziativa nelle loro regioni.

"Uno degli esempi di riutilizzo di campioni esistenti reso possibile dalla condivisione di metadati è il progetto B10K. Questo progetto mira a esaminare i genomi di tutte le 10.000 specie di uccelli, che i coordinatori del progetto stanno raccogliendo principalmente dai musei.

"Tuttavia, per le specie rare e quelle che vivono in aree poco studiate (ad esempio i tropici) non è facile ottenere campioni. La condivisione dei metadati dei campioni conservati nelle collezioni dei ricercatori ha reso possibile l'utilizzo di campioni esistenti raccolti in Africa ed Europa, per questo grande progetto su larga scala", descrive Brlík.

In una corrispondenza pubblicata nel suo articolo, Brlík mostra, utilizzando la rete AviSample come esempio, che la condivisione dei metadati facilita il riutilizzo dei campioni esistenti archiviati nelle collezioni dei ricercatori e presenta quindi un enorme potenziale.

"Il mio obiettivo è portare questa iniziativa e cambiare la percezione a livello globale e dimostrare che la condivisione dei metadati dei campioni ha il potenziale per migliorare l'efficienza delle attività scientifiche in tutte le discipline biologiche", conclude Brlík.

Ulteriori informazioni: Vojtěch Brlík, I metadati standardizzati per i campioni biologici potrebbero sbloccare il potenziale delle collezioni, della Natura (2024). DOI:10.1038/d41586-024-01421-w

Informazioni sul giornale: Natura

Fornito dalla Charles University