La base funzionale di un microscopio è la parte che ospita i controlli del microscopio e fornisce stabilità al microscopio. La base funzionale include in genere un interruttore di accensione, un controllo dell'intensità e manopole di messa a fuoco. Può anche includere un palco, ovvero una piattaforma su cui è posizionato il campione, e un condensatore, ovvero una lente che focalizza la luce sul campione. La base funzionale è generalmente dotata di una base pesante e stabile che ne impedisce il movimento quando il microscopio è in uso.