I batteri che possono sopravvivere senza la presenza di ossigeno sono chiamati batteri anaerobici. Sono in grado di generare energia attraverso processi diversi dalla respirazione aerobica, come la fermentazione o la respirazione anaerobica. Alcuni esempi di batteri anaerobici includono:

- Clostridium botulinum:questo batterio produce la neurotossina che provoca il botulismo, una grave forma di intossicazione alimentare. Si trova nel suolo e può contaminare prodotti alimentari come i prodotti in scatola.

- Escherichia coli (E. coli):alcuni ceppi di E. coli sono anaerobici e possono causare infezioni come infezioni del tratto urinario e intossicazioni alimentari.

- Bacteroides fragilis:questo batterio fa parte della normale flora intestinale ma può causare infezioni se entra in altre parti del corpo, come il flusso sanguigno o la cavità addominale.

- Metanogeni:questi batteri producono metano come sottoprodotto del loro metabolismo e si trovano in ambienti come paludi, acquitrini e discariche.