* Membrana esterna: Questa membrana è liscia e permeabile, che consente di passare attraverso le piccole molecole.
* Membrana interna: Questa membrana è piegata in Cristae, che aumentano la superficie per la produzione di ATP. È meno permeabile e contiene molte proteine coinvolte nella catena di trasporto degli elettroni e la fosforilazione ossidativa.
Lo spazio tra le due membrane è chiamato spazio intermembrana e lo spazio racchiuso dalla membrana interna è chiamato matrice .