Tuttavia, è importante notare che la classificazione della vita in cinque regni (Monera, Protista, Fungi, Plantae e Animalia) è un sistema più vecchio. I moderni sistemi di classificazione, come il sistema a tre domini, lo hanno ampiamente sostituito.
Nel sistema a tre domini, i procarioti sono divisi in due domini:
* batteri
* Archaea
Mentre entrambi sono procariotici, hanno differenze significative nella loro genetica, biochimica e storia evolutiva.
