Accedere al DNA avvolto nelle unità di base dell'imballaggio, chiamati nucleosomi, dipende dalla sequenza sottostante dei mattoni del DNA, o coppie di basi. Come i regali di Natale, alcuni nucleosomi sono più facili da scartare rispetto ad altri. Questo perché ciò che rende la doppia elica più rigida o più morbida, dritto o piegato - in altre parole, ciò che determina la sua elasticità - è l'effettiva sequenza della coppia di basi. In un nuovo studio pubblicato su EPJ E, Jamie Culkin dell'Università di Leida, Paesi Bassi, e colleghi dimostrano il ruolo della sequenza del DNA nel rendere possibile l'apertura del DNA confezionato e la lettura e l'espressione dei geni.

Già nel 1995, il compianto biochimico Jonathan Widom, dalla Northwestern University, Illinois, STATI UNITI D'AMERICA, dimostrato che i nucleosomi "respirano" per un breve periodo, mentre il DNA si srotola parzialmente dal cilindro proteico. Ciò è dovuto alle fluttuazioni legate alle variazioni di temperatura. Questo esperimento passato ha misurato in modo abbastanza accurato l'accessibilità relativa di diverse parti della bobina di DNA per gli enzimi che tagliano quel DNA.

Seguendo le sue orme, gli autori hanno sviluppato un modello che utilizza simulazioni al computer e si basa sul proprio modello a grana grossa precedentemente pubblicato del nucleosoma. Il lavoro precedente ipotizzava l'esistenza di un secondo strato di informazioni nelle molecole di DNA, uno che è di natura meccanica. Al contrario, in questo studio, utilizzando il modello del nucleosoma con elasticità del DNA dipendente dalla sequenza, gli autori hanno studiato l'effetto della sequenza della coppia di basi sull'accessibilità del nucleosoma per una lettura genica. Il loro approccio fornisce una spiegazione dettagliata di come la nanomeccanica del DNA sottostante detti le proprietà fisiche del nucleosoma.

per inciso, il modello potrebbe essere utilizzato anche per interpretare nuovi studi relativi alla tecnologia di editing genetico CRISPR, che viene applicato al DNA avvolto nei nucleosomi, e si basa su batteri che agiscono come un sistema immunitario che rileva e distrugge il DNA estraneo.