Il Mycobacterium tuberculosis, come tutti i batteri, impiega la proteolisi per degradare proteine ​​e peptidi non necessari, mal ripiegati e danneggiati in blocchi molecolari di base:gli amminoacidi. Esistono due sistemi proteolitici essenziali (noti come proteasi ATP-dipendenti):proteasi ClpP e proteasi Lon. Ciascuno svolge un ruolo importante e ben caratterizzato nel controllo della qualità delle proteine ​​batteriche e nel controllo della virulenza nel M. tuberculosis.