In questo modo, hanno costruito solidi muri di cemento armato con acciaio nel sottosuolo. Hanno ripetuto il processo con 152 segmenti di struttura, ciascuno misurante 22 piedi (6,7 m) di diametro, per formare una grande scatola che misura quattro isolati per due isolati (circa 500 x 1.000 piedi, o 152 x 304 m). Questa scatola, comunemente chiamata "vasca da bagno", formava un muro perimetrale a tenuta stagna per la struttura di fondazione delle due torri.
Una volta posizionata la vasca, la squadra di costruzione del World Trade Center potrebbe iniziare a scavare nella roccia per gettare le fondamenta dei due edifici. L'unico problema era che il terreno all'interno della vasca era il mezzo di supporto principale per mantenere le pareti in posizione:rimuovi lo sporco all'interno e il peso dello sporco e dell'acqua all'esterno avrebbe spinto le pareti verso l'interno.
Per mantenere i muri in posizione mentre si costruivano le fondamenta, la squadra ha dovuto far passare dei tiranti sotterranei, cavi che si estendevano dai muri perimetrali alla roccia che circondava la vasca. Ciò ha fornito un supporto temporaneo fino a quando l'equipaggio non ha potuto completare una struttura di supporto all'interno della vasca.
Una volta fissati i muri perimetrali, la squadra ha potuto iniziare a scavare il sito di fondazione. Finirono per scavare più di 1 milione di metri cubi (764.555 metri cubi) di materiale di riempimento, che scaricarono nell'Hudson, estendendo la riva. Lo scavo in realtà aggiunse 28 acri di proprietà immobiliari di pregio a New York, formando quella che oggi è Battery Park City.
Dopo aver scavato fino al substrato roccioso, fecero saltare grandi fosse per la struttura di supporto delle torri e iniziarono a costruire la massiccia struttura di fondazione per gli edifici sovrastanti. Inoltre, la struttura del seminterrato aveva sette livelli di spazio utilizzabile, che ospitavano parcheggi, negozi e stazioni della metropolitana.
Costruire le Torri Gemelle è stata una grande sfida logistica, oltre a un problema ingegneristico sbalorditivo. Gli edifici richiedevano un’enorme quantità di acciaio – circa 200.000 tonnellate in totale – ma il cantiere aveva spazio solo per una piccola quantità alla volta. Per mantenere la costruzione in movimento senza occupare troppo spazio nel cantiere, l'Autorità Portuale ha dovuto istituire la "consegna di acciaio just-in-time".
In questo sistema, tutto l’acciaio veniva trasportato dai produttori a un gigantesco scalo ferroviario nel New Jersey. Ogni pezzo importante di acciaio aveva un lungo numero ID, che indicava dove e quando sarebbe stato utilizzato. Secondo il programma di costruzione, l'Autorità Portuale spediva i pezzi di acciaio dal cantiere al sito esattamente quando necessario:i pezzi più piccoli venivano trasportati tramite camion e quelli più grandi tramite rimorchiatore.
Il processo di costruzione ha funzionato dall'interno verso l'esterno. Innanzitutto, l'equipaggio ha costruito la struttura in acciaio del nucleo interno ad un'altezza particolare e poi ha assemblato il muro perimetrale attorno ad esso. La struttura perimetrale era in realtà formata da sezioni prefabbricate di colonne verticali fissate a travi orizzontali (chiamate pennacchi). Le sezioni prefabbricate erano larghe circa 3 metri, alte due o tre piani e pesavano circa 22 tonnellate.
La struttura del solaio è stata poi installata tra il muro perimetrale esterno e il nucleo interno. Anche i pavimenti erano disponibili in sezioni preassemblate, costituite da capriate profonde 32 pollici (81 cm) sormontate da una superficie metallica ondulata. Per rifinire ogni piano, la squadra versava cemento sulla superficie metallica e rifiniva il tutto con piastrelle.
Le sezioni del pavimento prevedevano canalizzazioni preassemblate per linee telefoniche e cavi elettrici, per facilitare il lavoro agli elettricisti che sarebbero intervenuti successivamente. Dopo aver posizionato la struttura in acciaio, la squadra ha fissato la "pelle" esterna al perimetro:alluminio anodizzato, pretagliato in pannelli di grandi dimensioni.
Ciò continuò, sezione dopo sezione, mentre le torri salivano sempre più in alto. L'equipaggio ha sollevato le sezioni d'acciaio in posizione utilizzando quattro grandi gru (quattro per torre), montate su lunghe strutture d'acciaio montate all'interno della struttura tubolare. Le gru potevano effettivamente sollevarsi più in alto, utilizzando l'idraulica pesante, poiché i pavimenti erano finiti.
Mentre la squadra continuava a costruire verso l'alto, altri lavoratori iniziarono a rimpolpare i piani sottostanti, fino a installare le persiane e a dipingere le pareti. Un certo numero di aziende si trasferirono nei nuovi uffici del WTC anni prima dell'apertura ufficiale delle torri.
Oltre a utilizzare un design strutturale non convenzionale, le Torri Gemelle rappresentavano anche un allontanamento estetico dagli edifici più vecchi di New York. La maggior parte dei grattacieli della città hanno una forma a "torta nuziale", con sezioni più grandi nella parte inferiore che si assottigliano in sezioni più piccole nella parte superiore.
Ciò era in parte dovuto allo stile architettonico prevalente nella prima metà del XX secolo, ma era anche il risultato delle restrizioni urbanistiche di New York. Per garantire che le mura dei grattacieli non impedissero alla luce di raggiungere la strada, nel 1916 la città approvò una risoluzione che stabiliva che tutti i grattacieli avrebbero avuto una forma complessivamente piramidale.
Una nuova risoluzione nel 1962 spostò l’attenzione, regolando l’altezza complessiva piuttosto che la forma. Le nuove restrizioni dettavano un numero massimo di piani, in base al quartiere dell'edificio e alla superficie totale del lotto. L'Autorità Portuale poteva costruire torri così alte perché disponeva di un enorme appezzamento di terreno con una grande piazza aperta. (Per ulteriori informazioni, consulta Grattacieli di New York:regolamenti e occupazione.)